Hösten 1990, i samband med att aktionsprogrammet för sötvatten – Sötvatten 90 – presenterades, hölls en konferens i Uppsala för att informera om Mälarens miljösituation och det mål- och åtgärdsarbete som påbörjats med anledning av aktionsprogrammet. Konferensen arrangerades av de fyra länsstyrelserna som har Mälaren inom sina gränser samt Mälardalsrådet.
Våren 1993 beslöt de fyra berörda länsstyrelsernas styrelser att mål- och åtgärdsdokumentet MÄLARENS VATTEN – MÅL OCH ÅTGÄRDER skulle vara vägledande för eller utgöra inriktningen av fortsatt arbete med vattenvårdsfrågor rörande Mälaren.
Våren 1998 bildades Mälarens vattenvårdsförbund bland annat för att få en bredare samverkan kring Mälarens miljöövervakning. Anspråken på Mälaren är många och i vissa fall motstridiga, vilket ställer höga krav på samverkan. Vattenvårdsförbundet kan förbättra förutsättningarna för en sådan samverkan.
På uppdrag av Mälarens vattenvårdsförbund har SLU (Sveriges Lantbruksuniversitet) utvärderat Mälarens miljötillstånd och utveckling för perioden 1965-98. Rapporten kom våren 2000.
När det gäller målen för växtnäringsämnena fosfor och kväve har ny kunskap från sedimentanalyser visat att tidigare beräknade bakgrundshalter är osäkra. I avvaktan på att få fram säkrare grunder för beräkningarna anges inga mål relaterade till bakgrundshalter.
Flera åtgärdsförslag har överförts från tidigare måldokument. Vissa tidigare föreslagna åtgärder har genomförts och därför utgått. Målarbetet för Mälaren är en integrerad del i länsstyrelsernas uppdrag att överföra nationella mål till regionala.