En kraftig ökning av grumlighet och vattenfärg (brunhet) har iakttagits i samtliga bassänger i Mälaren under 2001. Detta kan kopplas till de extrema nederbördsmängderna under 2000, speciellt i oktober–december, vilket ledde till ökade transporter av partiklar och färgade lösta organiska ämnen (humusämnen) i Mälarens tillflöden.
Vattenfärgen, mätt som absorbans för filtrerat vatten, fluktuerar naturligt i Mälaren med lägre värden under perioder med liten nederbörd, t.ex. mitten av 1970-talet och högre värden under ”blöta” perioder, t.ex. i slutet av 1980-talet samt de senaste åren med ett maximum i samtliga bassänger 2001. Vattenfärgen varierar också naturligt under året med högsta värdena i mars och sedan successivt avtagande värden fram till september.
Noterbart är att de naturliga fluktuationerna i Mälarens vattenfärg tycks helt korrelerad i tiden i samtliga bassänger. Den snabba responsen på förändringar i tillrinning även i sjöns centrala delar, med en omsättningstid på 2 år, är något förvånande. En orsak till detta kan vara att tillförseln av partiklar och humus från vattendrag i Mälarens närområde är kraftigt underskattad och/eller att utbytet mellan olika bassänger går betydligt snabbare än de medelomsättningstider som finns beräknade – i varje fall vid kraftig tillrinning.
Långsiktiga trender i vattenfärg syns tydligast om man studerar enskilda månader under hela mätperioden 1965-2001. De stationer/bassänger som är mest påverkade av tillflöden (Galten, Västeråsfjärden, Blacken, Granfjärden, Svinnegarnsviken, Ekoln och Skarven) uppvisar en tydligt positiva trend i vattenfärg i mars och maj. Trenden började i slutet av 1970-talet och är tydligast i den västra delen av Mälaren, dvs. i Galten och Västeråsfjärden. I Galten uppvisar vattenfärgen en positiv trend även i juli och september. Än så längre syns ingen positiv långtidstrend i vattenfärg i de centrala bassängerna Prästfjärden, Södra Björkfjärden och Görväln.
De trender som studerats gäller för vattenfärgen i ytvattnet (0,5 m djup). En jämförelse mellan vattenfärgen i yt- och bottenvatten i Görväln visar på mycket små skillnader med djupet. Den snabba ökningen av vattenfärgen 2001 tycks således ha skett i hela vattenvolymen.
För att närmare kunna kvantifiera påverkan från enskilda vattendrag behöver vattenförings- och vattenkemiska data insamlas från samtliga tillflöden. Långsiktigt bör en samordnad lagring hos den nationella datavärden eftersträvas för att bl.a. möjliggöra fortlöpande kontroll av tillflödenas betydelse för Mälarens vattenkvalitet samt materialbudgetar för hela sjön i framtiden.