Sammanlagt 130 fiskar av arterna gös, gädda och abborre har insamlats från olika delar av Mälaren för analys av ett antal metaller och stabila organiska ämnen. För att få ett så homogent undersökningsmaterial som möjligt har vissa bestämda storlekar valts ut. I första hand har en selektering gjorts från den kommersiellt fångade fisken i sjön.
Inget onormalt har noterats hos den analyserade fisken i form av avvikande storlek eller utseende hos kropp, lever eller könsorgan, eller onormal förekomst av parasiter eller andra sjukdomar.
Undersökningen har visat på låga eller normala halter av de undersökta ämnena i fiskens vävnader, jämfört med andra vattenområden.
Kvicksilver, som analyserats i muskelvävnaden hos samtliga fiskar, förekommer i mycket låga halter i Mälarens fisksamhälle. För den normerade ”1-kg gäddan” har kvicksilverhalten bestämts till 0,2 mg/kg vv (mg per kg färskvikt), vilket anses vara en för landet naturlig bakgrundsnivå. Gränsvärdet för att gäddan ska få saluföras ligger på 1,0 mg/kg vv. Enligt undersökningen på gös, som varit mer omfattande än för de andra arterna, finns det tecken på att kvicksilverhalten ökar något öster- och norrut i Mälaren. Fortfarande ligger dock halten på en låg nivå.
Andra metaller än kvicksilver har analyserats i levervävnad från abborre. Flertalet av dessa metaller uppvisar ungefär samma haltnivåer som hos abborre från andra stora sjöar, medan kadmiumhalten är väsentligt lägre i fisk från Mälaren.
De klorerade organiska ämnena PCB och DDT anrikas framför allt i fiskens fettvävnad. Hos de relativt magra fiskarterna gös, gädda och abborre är därför koncentrationen av dessa ämnen generellt sett låg (baserat på färskvikt). De genomsnittliga halterna av PCB i gös i olika delar av sjön varierar enligt resultaten mellan 0,001 och 0,01 mg/kg vv, vilket är betydligt lägre än Livsmedelsverkets gränsvärde för detta ämne, som ligger på 0,1 mg/kg vv. För DDT är marginalen ännu större till det riktvärde som tillämpas (0,5 mg/kg). Högst halter av PCB och DDT har registrerats i gös från Ulvsundasjön, som fått representera Östra Mälaren.
Den bild som framträder genom dessa undersökningar av föroreningshalten i fisk från Mälaren är således positiv. För de arter som undersökts är marginalen betryggande stor till de gränsvärden som angivits av Livsmedelsverket. Med ledning av dessa resultat går det dock inte att ange vilka halter av exempelvis PCB som kan förväntas i fetare fisk såsom ål. För detta krävs kompletterande undersökningar, vilka redan har påbörjats genom insamling av de aktuella arterna. Av och till förekommer även lax och öring i Mälaren, som då vandrat upp från Östersjön.