Undersökningsresultaten från 2017 visar att den bästa vattenkvaliteten och den högsta ekologiska statusen finns i den östra delen av Mälaren, dvs den del som företrädesvis har stora och djupa fjärdar. Detta mönster är generellt för samtliga undersökta vattenkvalitetsfaktorer, både kemisk-fysikaliska och biologiska.
I denna del av sjön är statusen vanligen hög eller god, medan den i västra och nordöstra delen vanligen är lägre, oftast måttlig eller sämre. Detta generella mönster beror framförallt på att effekten av den belastning av näringsämnen mm som sker i de delar som har sämre vattenkvalitet till stor hinner avta innan vattnet når Stockholm och utloppet till Östersjön. I detta avseende fungerar de stora och djupa fjärdarna som naturliga sedimentationsbassänger och biologiska reningsverk som reducerar belastningen under dess väg genom vattensystemet.