I augusti 2008 utfördes, på uppdrag av Mälarens vattenvårdsförbund, en synoptisk undersökning av Mälarens vattenkemi. Syftet med undersökningen var att få en ögonblicksbild av tillståndet i alla större fjärdar och vikar i Mälaren.
Mälarens flikighet och örikedom gör att sjön kan delas in i sex tydligt avgränsande bassänger där vattenkemin vanligtvis skiljer sig åt, så även i denna undersökning. Halterna av näringsämnena kväve och fosfor är högre i den nordöstra bassängen med fjärdarna Ekoln och Skarven. Anledningen är att tillrinningsområdet till denna bassäng har den största andelen jordbruksmark. I sydöstra Mälaren med fjärdarna Prästfjärden och Björkfjärden är halterna som lägst på grund av att det saknas större tillflöden till denna bassäng och att bassängen har en långsam omsättning vilket möjliggör effektivare sedimentation till bottnarna.
Vid provtagningstillfället var klorofyllhalterna högst i västra Mälaren. I jämförelse med de ordinarie provtagningsstationerna i Mälarprogrammet under övriga delar av året så visade det sig att klorofyllhalterna var högst just under sommaren i de västra delarna. I den nordöstra delen var klorofyllhalterna istället högst under våren. Detta kan vara en förklaring till de låga totalfosforhalterna i denna del av Mälaren i augusti som följd av att algerna från vårens blomning sedimenterat och till viss del ”tvättat” ur ytskiktet på fosfor.
Siktdjupet var mindre i de västra delarna av Mälaren dels på grund av den höga växtplanktonproduktionen och dels på grund av att vattenfärgen var högre där. Vattenfärgen var högre i de västra delarna på grund av att tillrinningsområdet till Galten till stor del består av skogsmark med naturligt höga halter färgade humusämnen i avrinningen.
Alkaliniteten skiljer sig tydligt åt mellan de olika bassängerna. I den nordöstra bassängen är alkaliniteten som högst på grund av de uppländska kalkrika lerorna i tillrinningsområdet. Ju längre västerut man kommer desto lägre blir alkaliniteten till följd av den naturligt surare tillrinningen från skogsmark. Buffertförmågan är dock mycket god i hela Mälaren.