Mälaren är en naturligt näringsrik sjö. Att Mälaren redan från början är en naturligt näringsrik sjö innebär att den är extra känslig för övergödning. Avloppsutsläpp och näringsläckage från jordbruk har orsakat övergödning och igenväxning av näringsrika sjöar i Syd- och Mellansveriges slättområden och samma bekymmer finns runt Mälaren.
Näringsrika sjöar återfinns vanligen i dalgångar och på slätter under högsta kustlinjen och har därför legat under vatten vid inlandsisens avsmältning. De har ofta stora och flacka tillrinningsområden som domineras av näringsrika lerjordar med hög andel jordbruksmark. Det tillrinnande vattnet är rikt på näringsämnen och växtligheten i sjöarna är stor. Förhållanden som mycket väl stämmer in på Mälaren.
Jordbruk påverkar både landskapet och Mälaren
I Mälarens avrinningsområde är jordbruket i stor utsträckning inriktat på spannmål och med jämförelsevis lågt inslag av djurhållning. Det innebär en omfattande jordbearbetning, gödsling och användning av bekämpningsmedel i områden närmast Mälaren jämfört med områden längre upp i avrinningsområdet.
Jordbruksmarken består till stor del av leror och från dessa eroderar lerpartiklar och fosfor bundet i partiklar. Kväveläckaget från marken är i stället begränsat.
Det saknas fortfarande kunskap om hur de många faktorer som påverkar fosforns dynamik i mark och vatten samverkar eller motverkar varandra. Det innebär att det fortfarande finns brister i kunskapen om vilka åtgärder som krävs för att minska markläckaget av fosfor.
Igenväxning i näringsrika sjöar
Igenväxning är en naturlig process som sker i näringsrika sjöar där växter får möjlighet att ta över, men genom att tillsätta extra närsalter till vattnet har människan snabbat på processen. Genom direkta utsläpp från industrier och reningsverk, eller indirekt via luften, har sjöarnas ekosystem i olika omfattning under olika perioder utsatts för närsalter och miljögifter.
Det höga näringsinnehållet innebär dock att Mälaren inte är känslig för försurning.